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干货|一文读懂外泌体miRNA检测如何选择内参
19580 人阅读发布时间：2019-08-13 14:53
在进行细胞、血液、组织miRNA检测时，我们常选择U6做内参基因。U6属于细胞内有核小RNA(small nuclear RNA，snRNA)，是真核生物转录后加工过程中RNA剪接体(spliceosome)的主要成分，长度约为100-215个核苷酸，参与mRNA前体的加工过程。U6稳定、含量丰富、高度保守、在真核细胞内都普遍存在。那么问题来了，在外泌体miRNA检测时U6是否可以作为内参基因呢？
外泌体是由细胞内多泡体被细胞膜融合后，释放到细胞外的一种直径约30-150nm的膜性囊泡，主要成分为蛋白质、酶、mRNA、miRNA、DNA片段和脂质等，其中miRNA是外泌体主要核酸成分，目前已经成为诸多疾病诊断的潜在标志物。但是在临床样品检测过程中，外泌体miRNA检测至今还没有一个公认的内参基因。
已发表的文章中选择什么内参基因做外泌体miRNA检测的呢？这里小编对外泌体miRNA检测中用到的内参基因做了整理。
表1：通过系统性的算法分析出来的内参基因
表2：实验中具体使用的内参基因
为了方便大家在后期实验中选择外泌体miRNA检测的内参基因，我们针对文献中的信息做了归类统计，根据样品种类和基因频率总结如下：
细胞上清液
| 内参 | 出现频率 |
| mi-16 | 1 |
| snRNA u6 | 1 |
| let-7a | 1 |
尿液
| 内参 | 出现频率 |
| hy3 | 1 |
| snRNA U48 | 1 |
| snRNA u6 | 1 |
| miR-16 | 1 |
| miR-320 | 1 |
血浆
| 内参 | 出现频率 |
| miR-126 | 1 |
| miR-145 | 1 |
| miR-28-3p | 1 |
| miR-30a-5p | 1 |
| miR-30e-5p | 1 |
血清
| 内参 | 出现频率 | 内参 | 出现频率 |
| mir-221 | 3 | snRNA u6 | 4 |
| mir-103 | 2 | mi-16 | 1 |
| let-7a | 4 | hy3 | 2 |
| mir-26a | 3 | snRNA U48 | 2 |
| mir-191 | 1 | miR-181c | 1 |
| mir-181a | 2 | miR-451 | 1 |
那么实验中到底该如何选择外泌体miRNA检测的内参基因呢？遗憾的是，目前没有标准答案。但是基于宇玫博生物实验室实际的检测情况，建议大家在检测过程中，设置两个内参基因，优先选择已经有文献支持的内参基因。在结果分析的时候，以系统中最稳定的内参基因来做数据分析，这样获得的结果可靠性更高一些。 如有更多外泌体相关技术问题，可以直接和宇玫博生物的技术专家高博士进行交流。
参考文献：
- 2015 Breast-cancer-secreted miR-122 reprograms glucose metabolism in premetastatic niche to promote metastasis.
- 2015 Assessment of endogenous reference gene suitability for serum exosomal miRNA expression analysis in liver carcinoma resection studies.
- 2015 Identification of Endogenous Controls for Analyzing Serum Exosomal miRNA in Patients with hepatitis B or hepatocellular carcinoma.
- 2016 Evaluation of optimal extracellular vesicle small RNA isolation and qRT-PCR normalisation for serum and urine.
- 2016 The choice of endogenous controls in exosomal miRNA assessments from biofluids.
- 2017 Identification of miR-16 as an endogenous reference gene for the normalization of urinary exosomal miRNA expression data from CKD patients.
- 2017 miRNAs and Reference Gene Methodology.
